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La historia trata de Jaden Yuki , quien hace su examen para entrar en la Academia de Duelos, donde se aprende a jugar el Duelo de Monstruos para llegar a convertirse en el Rey de los Juegos.La academia está dividida en tres cuartos: Obelisco Azul, Ra Amarillo y Slifer Rojo y el Cuarto Blanco(usado por los adeptos de Sartorius, el cual solo aparece en la 2da temporada). Al ir a su examen, Jaden se tropieza con un adulto Yugi Muto, quien le regala la carta, Kuriboh Alado. A pesar de llegar un poco retrasado, a Jaden se le permite hacer el examen de ingreso, tocándole como rival el Dr. Crowler, uno de los profesores de la academia de duelo, quien cuenta con un doctorado en duelos. A pesar de que Crowler parece llevar la ventaja desde el principio, Jaden logra vencerlo y así ingresar. A pesar de haber vencido a Crowler, Jaden es enviado a Slifer Red debido a sus malas calificaciones en el examen teorico.